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L'avenir de l'ONU passe de plus en plus par une réforme en profondeur de son fonctionnement. Jusqu'à maintenant, elle fut repoussée, mais le problème du budget, en particulier de sa dette, et celui du fonctionnement du Conseil de sécurité avec l'arrivée de nouveaux membres permanents et l'extension de son domaine de compétence, deviennent de plus en plus pressants. Durant son mandat, l'ancien secrétaire général, Kofi Annan, a commandé de nombreuses études sur les voies à suivre pour réformer l'organisation. Mais, par manque de consensus au sein des membres permanents du Conseil de sécurité, elles sont pour l'instant restées lettre morte. En particulier, John R. Bolton, représentant permanent des États-Unis en août 2005, soutient une position ne faisant pas l'unanimité et gèle ainsi les possibilités de réforme.
Le 7 mars 2006, le secrétaire général des Nations unies, Kofi Annan, a proposé, dans un rapport à l'Assemblée générale, aux États membres une vaste réforme de l'administration de l'ONU, attendue par les dirigeants mondiaux après que l'Organisation eut été secouée par une série de scandales. M. Annan a présenté une série de mesures allant de la délocalisation de certains services au renforcement du système de passation des marchés. Celui-ci a été ces dernières années mis à mal par le scandale du programme « pétrole contre nourriture » de l'ONU en Irak et lorsqu'une enquête interne a découvert des pratiques contestables dans le secteur du maintien de la paix, ayant occasionné des dizaines de millions de dollars de pertes pour l'Organisation.
Intitulé « Investir dans l'Organisation des Nations unies pour lui donner les moyens de sa vocation mondiale », ce rapport de 48 pages reconnaît l'inadaptation des structures administratives actuelles aux défis que l'ONU est censée relever chaque jour, 61 ans après sa création. Il souligne l'augmentation vertigineuse, depuis la fin de la Guerre froide, des activités de terrain de l'ONU, notamment des opérations de maintien de la paix, qui représentent plus de 50 % des dépenses totales de l'ONU (en 2004-2005), soit presque de 10 milliards de dollars américains (près de trois fois le budget ordinaire)10, sans tenir compte des agences onusiennes (Unicef, PAM, PNUD...), qui ont leur propre budget. M. Annan propose de « refondre complètement l'ensemble du secrétariat, ses règles, sa structure, ses rouages, pour qu'il soit mieux adapté aux réalités d'aujourd'hui » et de « remettre entièrement à neuf » l'ensemble de l'organisation.
L'organisation s'est largement discréditée lors de drames récents: échec de la prévention et de la protection en 1994 au Rwanda lors du terrible génocide des Tutsis qui s'est soldé par 800 000 morts. Incapacité également de prévenir et de stopper les conflits en ex-Yougoslavie de 1991 à 1995, et particulièrement d'assurer la protection des enclaves musulmanes de Bosnie-Herzégovine. Le massacre de Srebrenica (juillet 1995), pour lequel la qualification de génocide est en débat, s'est déroulé dans l'incapacité des 400 Casques bleus néerlandais d'intervenir.
En 2010, lorsqu'un séisme provoqua un désastre humanitaire à Haïti, l'ONU s'est montrée incapable de coordonner l'aide rapidement, c'est finalement l'armée américaine qui jouera un rôle clé. L'organisation internationale avait été dépassée à peine un mois auparavant lors de la conférence de Copenhague sur le climat, les États-Unis et la Chine avaient alors conclu des accords seuls
